运输公司司机管理制度要实行“严格考核、三级审批、持证上岗、共担风险、保障安全”的原则。

运输公司司机管理制度之新招录用司机管理：
①招聘司机必须由本人写出申请，经办公室通知，由安保科会同客运分公司、机务科共同考核合格后报总公司研究同意，方可录用。
②录用的司机必须向总公司缴纳10000元安全风险抵押金，如发生事故或违纪违章按有关规定扣除，无上述情况可以退还。同时还须缴纳培训费1500元 （不予退还），但对于正式分配或调入的司机一次性收取安全风险抵押金5000元及培训费500元（不予退还），才能成为总公司机动司机，并跟车实习至 少一个月后方可顶班或承包车辆。
③录用司机必须认真遵守总公司的各项管理规定，服从管理，维护总公司利益。
第十四条：车主本人作为司机的，必须向总公司交纳5000风险抵押金，经总公司安保科会同有关部门考核合格后发给其准驾证，凭准驾证方可驾驶总公司所属车籍的车辆。

运输公司司机管理制度的其他规定：
    承包车主聘请司机上车必须在运输公司机动司机中聘请，不准聘请外单位及无机动司机资格的人顶班上车。如私自聘请司机发生事故，其损失概由承包车主承担，公司不预支，不垫付事故费用，原则上不派人参加事故处理。每发现一次私自聘请非机动司机上车顶班的，处以300---500元罚款。
     运输公司所属车主和司机必须签订《行车安全责任状》和《交通事故承付委托书》，未签订合同发生事故的按总损失的10%予以罚款,不享受安全奖,原则上总公司不派人参加事故调处。

另外运输公司司机管理制度中还有一点很重要：

司机需要调整好状态再工作 

开车时要尽量少说话。有关研究表明，开车时讲话30秒，可使心肌耗氧量增加10％左右，导致意外事故发生。所以，心要静，不要在开车时喋喋不休，更不要在开车时打电话。

    在挂靠经营初期，运输公司在运输公司司机管理制度的各个方面没有统一化，但是随着物流运输市场逐渐成熟，各运输公司也应建立运输公司司机管理制度。